WSL の Ubuntu 18.04 において NetCDF-Fortran を Intel コンパイラでビルド

2020-05-26 2020-06-06

jsasaki

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環境の準備

Windows 10 Pro の WSL に Ubuntu 18.04LTSをインストールし，Intel Parallel Studio XE 2020 Composer Edition をインストールした状態を想定します．FVCOM等の数値モデルで必要となる，NetCDF-Fortran をビルドします．こちらの記事を参考にさせて頂き，NetCDF-Fortran 以外は apt でお手軽にインストールします（GNUでコンパイル済み）．

aptでライブラリをインストール

以下の手順で HDF5 （こちらを参考にしました）と GNU版の NetCDF-4 (以下のlibnetcdf-dev) ~~と NetCDF-Fortran（以下の libnetcdff-dev）（こちらを参考にしました）~~をインストールします．libnetcdff-dev をインストールすると，Intel版のビルドに失敗しました．

$ sudo apt update
$ sudo apt install hdf5-tools hdf5-helpers libhdf5-dev libhdf5-doc libhdf5-serial-dev
$ sudo apt install libnetcdf-dev

正常にインストールできたか確認します．

$  nc-config --all

This netCDF 4.6.0 has been built with the following features:
...

バージョンは2020年5月26日時点のものですが，このような感じになれば成功です．

NetCDF-Fortran を Intel コンパイラでビルド

NetCDF-Fortranのソースコードをこちらからダウンロードします．2020年5月26日現在は，netcdf-fortran-4.5.2.tar.gz です．Windowsのデフォルトでは /mnt/c/Users/username/Downloads/ にダウンロードされます．usernameは自身のものに読み替えます．

$ cd /mnt/c/Users/username/Downloads/
$ tar xf netcdf-fortran-4.5.2.tar.gz
$ cd netcdf-fortran-4.5.2/

エディタで以下の内容のテキストファイル config-intel.sh を同じディレクトリに作成します．最下行のバージョンはダウンロードしたソースコードに合わせます．

export CDFROOT="/usr"
export LD_LIBRARY_PATH="${CDFROOT}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"
export LDFLAGS="-L${CDFROOT}/lib -I${CDFROOT}/include":
export OPTIM="-O3 -mcmodel=large -fPIC ${LDFLAGS}"
#
export CC=icc
export CXX=icpc
export FC=ifort
export F77=ifort
export F90=ifort
export CPP='icc -E -mcmodel=large'
export CXXCPP='icpc -E -mcmodel=large'
export CPPFLAGS="-DNDEBUG -DpgiFortran ${LDFLAGS}"
#
export CFLAGS=" ${OPTIM}"
export CXXFLAGS=" ${OPTIM}"
export FCFLAGS=" ${OPTIM}"
export F77FLAGS=" ${OPTIM}"
export F90FLAGS=" ${OPTIM}"
#
./configure --prefix=/usr/local/netcdf-ifort/4.5.2 --enable-large-file-tests --with-pic

config-intel.sh を実行形式とし，以下のように実行します．

$ chmod a+x config-intel.sh
$ ./config-intel.sh
$ make
$ make check
$ sudo make install

~/.bashrc に以下のように PATH と LD_LIBRARY_PATH を加えます．

export PATH="/usr/local/netcdf-ifort/4.5.2/bin:$PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/netcdf-ifort/4.5.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

正常にインストールできたか確認します．以下のようになれば成功です．

$ nf-config --all

This netCDF-Fortran 4.5.2 has been built with the following features:

  --cc        -> icc
  --cflags    ->  -I/usr/local/netcdf-ifort/4.5.2/include -DNDEBUG -DpgiFortran -L/usr/lib -I/usr/include

  --fc        -> ifort
  --fflags    -> -I/usr/local/netcdf-ifort/4.5.2/include
  --flibs     -> -L/usr/local/netcdf-ifort/4.5.2/lib -lnetcdff -L/usr/lib -I/usr/include -lnetcdf -lnetcdf -lm
  --has-f90   ->
  --has-f03   -> yes

  --has-nc2   -> yes
  --has-nc4   -> yes

  --prefix    -> /usr/local/netcdf-ifort/4.5.2
  --includedir-> /usr/local/netcdf-ifort/4.5.2/include
  --version   -> netCDF-Fortran 4.5.2