WSL2 の Ubuntu 22.04 において NetCDF-Fortran を Intel コンパイラでビルド

2020-05-26 2023-11-05

jsasaki

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2023年11月5日：元の記事はWindows 10 の WSLのUbuntu 18.04 の環境でしたが，アップデートしました．

環境の準備

Windows 11 Pro の WSL に Ubuntu 22.04LTSをインストールし，Intel oneAPI をインストールした状態を想定します．FVCOM等の数値モデルで必要となる，NetCDF-Fortran をビルドします．こちらの記事を参考にさせて頂き，NetCDF-Fortran 以外は apt でお手軽にインストールします（多分，Intel版は存在せず，GNU版です）．NetCDF-CもIntel oneAPIでコンパイルする方法はこちらにまとめましたが，大変です．

aptでライブラリをインストール

以下の手順で HDF5 （こちらを参考にしました）と GNU版の NetCDF-4 (以下のlibnetcdf-dev) ~~と NetCDF-Fortran（以下の libnetcdff-dev）（こちらを参考にしました）~~をインストールします．libnetcdff-dev をインストールすると，Intel版のビルドに失敗しました．

$ sudo apt update
$ sudo apt install hdf5-tools hdf5-helpers libhdf5-dev libhdf5-doc libhdf5-serial-dev
$ sudo apt install libnetcdf-dev

正常にインストールできたか確認します．

$ nc-config --all

This netCDF 4.8.1 has been built with the following features:
...

バージョンは2020年5月26日時点のものですが，このような感じになれば成功です．

NetCDF-Fortran を Intel oneAPI でビルド

NetCDF-Fortranのソースコードをこちらで確認し，最新版を入手します．以下ではwgetで入手しました．バージョンは適宜読み替えます．

$ mkdir ~/Downloads
$ cd ~/Downloads
$ wget https://downloads.unidata.ucar.edu/netcdf-fortran/4.6.1/netcdf-fortran-4.6.1.tar.gz
$ tar xf netcdf-fortran-4.6.1.tar.gz
$ cd netcdf-fortran-4.6.1/

エディタで以下の内容のテキストファイル config-intel.sh を同じディレクトリに作成します．最下行のバージョンはダウンロードしたソースコードに合わせます．

export CDFROOT="/usr"
export LD_LIBRARY_PATH="${CDFROOT}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"
export LDFLAGS="-L${CDFROOT}/lib -I${CDFROOT}/include":
export OPTIM="-O3 -mcmodel=large -fPIC ${LDFLAGS}"
#
export CC=icc
export CXX=icpc
export FC=ifort
export F77=ifort
export F90=ifort
export CPP='icc -E -mcmodel=large'
export CXXCPP='icpc -E -mcmodel=large'
export CPPFLAGS="-DNDEBUG -DpgiFortran ${LDFLAGS}"
#
export CFLAGS=" ${OPTIM}"
export CXXFLAGS=" ${OPTIM}"
export FCFLAGS=" ${OPTIM}"
export F77FLAGS=" ${OPTIM}"
export F90FLAGS=" ${OPTIM}"
#
./configure --prefix=/usr/local/netcdf-ifort/4.6.1 --enable-large-file-tests --with-pic

config-intel.sh に実行権限を付与し，実行します．make check はテスト実行で，見にくいですが，緑で PASS: 2，赤で ERROR: 0 のようになっていれば成功です．

$ chmod a+x config-intel.sh
$ ./config-intel.sh
$ make
$ make check
$ sudo make install

~/.bashrc に PATH と LD_LIBRARY_PATH を追記します．

# NetCDF-Fortran using Intel oneAPI
export PATH="/usr/local/netcdf-ifort/4.6.1/bin:$PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/netcdf-ifort/4.6.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

再ログインした後，nf-config --all を実行します．以下のようになれば成功です．

$ nf-config --all

This netCDF-Fortran 4.6.1 has been built with the following features:

  --cc        -> icc
  --cflags    -> -I/usr/local/netcdf-ifort/4.6.1/include -DNDEBUG -DpgiFortran -L/usr/lib -I/usr/include:

  --fc        -> ifort
  --fflags    -> -I/usr/local/netcdf-ifort/4.6.1/include -I/usr/local/netcdf-ifort/4.6.1/include
  --flibs     -> -L/usr/local/netcdf-ifort/4.6.1/lib -lnetcdff -L/usr/lib -I/usr/include: -lnetcdf -lnetcdf -lm
  --has-f90   ->
  --has-f03   -> yes

  --has-nc2   -> yes
  --has-nc4   -> yes

  --prefix    -> /usr/local/netcdf-ifort/4.6.1
  --includedir-> /usr/local/netcdf-ifort/4.6.1/include
  --version   -> netCDF-Fortran 4.6.1