ITO-A 上の Miniconda Python で Segmentation fault

スパコン ITO-A に Miniconda (Anaconda) をインストールし，仮想環境を構築後，Pythonスクリプトを実行すると，Segmentation fault となる不具合が生じました．解決方法が分かりましたので，まとめておきます．

Minicondaのインストール時の注意

問題はベンダーが用意したPythonとの競合でした．インストール前に ~/.bashrc の最後の方に

export PYTHONPATH=

を追記し，PYTHONPATHの設定を解除しておく必要がありました．ログインしなおしてから，通常通り Miniconda をインストールすることで解決しました．具体的な方法は こちら にまとめてあります．

Segmentation fault の発生状況

以前は問題なく動いていた環境でしたが，数ヶ月ぶりに作業をしようとしたところ，この問題に遭遇しました．Python パッケージのアップデートを行ったので，それが原因かもしれませんし，ベンダー側のアップデート等で環境が変化した可能性もありますが，原因は不明でした．

そこでインストールしたMinicondaをアンインストールし，再度インストールした後，仮想環境を作成し，パッケージのインストールをやりなおしました．インストール段階では不具合は見られませんでしたが，Python スクリプトを動かすとやはり Segmentation fault となりました．

この仮想環境の Python のバージョンを調べたところ，base 環境とは異なり，ベンダーの Intel 版 Python になっていました．不思議なのは base 環境は Miniconda の Python でした．module load で Intel Fortran をロードしていましたので，その際にベンダーの Intel 版 Python がデフォルトになってしまうものと推察し，これを アンロードしたところ，今度はベンダーデフォルトの Python 2.7 になりました．echo PYTHONPATH を見ると，確かにベンダー環境を指していました．

不適切な PYTHONPATH が残ってしまっていることが問題と思われたので，上記の方法を試したところ，解決しました．