九州大学スーパーコンピュータITO-Aのセットアップの備忘録です.Python環境構築に関して,以前の記事ではpyenvを用いましたが,今回はcondaを使用します.

ホストへのログイン

Windows用の端末エミュレータとしてMobaXtermが推奨されています.X Windowの画面表示ができるので,Jupyter Notebook等のGUIを利用するソフトウエアも利用できるようになります.インストール方法はこちらです.

Minicondaのインストール

環境をできるだけシンプルに保つため,Anacondaではなく,Minicondaをインストールします.こちらのサイトから最新版のMiniconda3-latest-Linux-x86-64.shを適当なディレクトリにダウンロードします(以下の例では,~/src/.属性を実行形式に変換した後,以下のようにインストールします.デフォルトのままでよいでしょう.

~/src$ ./Miniconda3-latest-Linux-x86-64.sh

最初に環境を最新の状態にします.

~$ conda update conda
~$ conda update --all

仮想環境の構築方法はこちらの記事にまとめてあります.

基本パッケージのインストール

基本的なパッケージをインストールしておきます.

~$ conda install jupyter notebook pandas matplotlib netcdf4 holoviews geoviews
~$ conda install selenium
~$ conda install phantomjs
~$ pip install holoext

conda listcondaでインストールしたパッケージの一覧を取得できます.holoextHoloviewsを便利にするパッケージです.holoextをバージョンアップする場合は以下のように,一度アンインストールしてからインストールします.

~$ pip uninstall holoext
~$ pip install holoext

インストール時に以下のようなエラーが現れる場合はpipのバージョンが古いせいかもしれません.

mkl-random 1.0.1 requires cython, which is not installed.
mkl-fft 1.0.4 requires cython, which is not installed.
distributed 1.22.0 requires msgpack, which is not installed.

その場合はpip本体をバージョンアップします.

~$ pip install --upgrade pip

PhantomJSのインストール

Holoviewsを動かすにはPhantomJSが必要です.こちらを参考に,インストールを進めます.最初にNVMをインストールします.

~$ wget -qO- https://raw.githubusercontent.com/creationix/nvm/v0.33.10/install.sh | bash
~$ source .bashrc
~$ command -v nvm
nvm

最後にnvmが現れれば成功です.
次にNodeJSをインストールします.利用可能なNodeJSのバージョンを確認できます.

~$ nvm ls-remote

最新版をインストールします.

~$ nvm install node

インストールされたNodeJSのバージョンを確認します.

~$ nvm list
->      v10.8.0
default -> node (-> v10.8.0)
node -> stable (-> v10.8.0) (default)
stable -> 10.8 (-> v10.8.0) (default)
iojs -> N/A (default)
lts/* -> lts/carbon (-> N/A)
lts/argon -> v4.9.1 (-> N/A)
lts/boron -> v6.14.3 (-> N/A)
lts/carbon -> v8.11.3 (-> N/A)

またはnodeコマンドで確認できます.

~$ node -v
v10.8.0

こちらを参考にしてPhantomJSをインストールします.

~$ npm install --save phantom phantomjs-prebuilt tough-cookie uuid