これまでpyenvを用いたバージョン管理等を行ってきましたが,バージョンアップを行った際にconflictが起こってきたので,pyenvを止め,Anacondaを直接インストールし,condaで管理するように変更します.OSはCentOS7です.

Anaconda3-4.4.0のインストール

Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.shをダウンロードし,インストールします.デフォルトでは~/anaconda3/にインストールされます.

$ sh Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh

インストールはそのままデフォルトを選んでおけばOKです.次に最新版にアップデートしておきます.

$ conda update anaconda
$ conda update conda
$ conda update --all

次にnetCDF4をインストールします.

$ conda install netCDF4

gdalがインストールできない!

次にGIS環境構築のため,gdalのインストールを試みましたが,次のようなエラーとなり,インストールできませんでした.こちらの記事によると,Python 3.6ではgdalがまだサポートされていないことが原因のようです.

[teem@localhost Downloads]$ conda install gdal
Fetching package metadata .........
Solving package specifications: .

UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict:
  - gdal -> numpy 1.8* -> python 2.6* -> openssl 1.0.1*
  - python 3.6*
Use "conda info <package>" to see the dependencies for each package.

そこで,サポートされているPython3.5でgdal用の環境を作ります.

$ conda create --name gdalenv python=3.5 gdal

このような環境を切り替えて管理する方法がこちらにまとめられています.環境gdalenvを使えるようにするには次のようにactivateします.デフォルトの環境に戻るにはdeactivateです.

$ source activate gdalenv
$ source deactivate gdalenv

どのような環境が作成されているかを確認するには次のようにします.

$ conda info --envs
# conda environments:
#
gdalenv                  /home/teem/anaconda3/envs/gdalenv
root                  *  /home/teem/anaconda3

再び環境gdalenvをactivateして,GIS関連のパッケージをインストールします.

$ source activate gdalenv
$ conda install fiona
$ conda install basemap
$ conda install shapely

環境gdalenvを削除するには次のようにします.

$ conda remove --name gdalenv --all