Install GMT 5.2.1 on CentOS 7

GMT 5.2.1 からは読み込むデータに合わせてコンターの範囲を自動設定するという画期的な機能（makecptの-Eオプション）が追加されました．そこで早速インストールを試みたのですが，いろいろ苦労しました．そこで，GMT 5.2.1 のインストールの備忘録を記します．
まず，Anacondaとここの記事にあるgdal，fiona，basemap，shapely，descartesがインストール済であることを前提にします．以前，yum install gdal-develでインストールしたとき，原因不明ですが，再起動をかけるとCentOSが立ち上がらなくなるというトラブルに見舞われました．また，yum install GMT gshhg-gmt-nc4-all dcw-gmtでインストールできることになっていますが，これもうまく行きませんでした．そこで，cmakeでbuildします．
まず，pcre-develとfftw3-develをインストールします．これはyumで問題ありませんでした．
[cc]
# yum install pcre-devel fftw3-devel
[/cc]
GMT 5.2.1のソースコードをダウンロードし，解凍します．解凍したディレクトリをカレントディレクトリとします．./cmake/ConfigUserTemplate.cmakeを./cmake/ConfigUser.cmakeにコピーし，中身を以下のように編集します．他はそのままでよいようです．
[cc]
set (CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gmt/5.2.1")
set (GSHHG_ROOT "/usr/local/gmt/gshhg-gmt-2.3.4")
set (DCW_ROOT "/usr/local/gmt/dcw-gmt-1.1.2")
[/cc]
また，あらかじめgshhg-gmt-2.3.4.tar.gzとdcw-gmt-1.1.2.tar.gzを上記で設定したディレクトリにコピーし，展開しておきます．
[cc]
# mkdir /usr/local/gmt/5.2.1
# cp dcw-gmt-1.1.2.tar.gz /usr/local/gmt
# cp gshhg-gmt-2.3.4.tar.gz /usr/local/gmt
# cd /usr/local/gmt
# tar xvzf dcw-gmt-1.1.2.tar.gz
# tar xvzf gshhg-gmt-2.3.4.tar.gz
[/cc]
再びGMT 5.2.1のソースコードを解凍したディレクトリに戻ります．そして，buildディレクトリを作って，ビルドします．
[cc]
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ../
$ make all
# make install
[/cc]
cmake ../ では最後にWarningが出るかもしれませんが，.pyenv以下の隠しディレクトリにあるgdalライブラリ等を参照できないかもしれないという警告のようです．これはPythonのpyenvをインストールしたディレクトリで隠しディレクトリになっていますが，実際には特に問題ないようです．
最後にPATHを設定して終わりです．~/.bashrcに以下を追記します．
[cc]
# GMT 5.2.1
export PATH=$PATH:/usr/local/gmt/5.2.1/bin
export MANPATH=$MANPATH:/usr/local/gmt/5.2.1/share/man/
[/cc]
念のため一度logoutしてからloginし，インストールが成功しているか確認してみます．
[cc]
$ gmt --version
[/cc]
5.2.1 と表示されれば成功です．
もし，古いバージョン，例えば，5.1.2がインストールされていたとしても，PATHから消しておけば問題ありません．PATHから消去した後は念のためlogoutしてからloginしておきます．.bashrcを読み込み直すだけでは消したはずのPATH設定が消えていないことがあります．これはlogin時に読み込まれる設定がlogoutするまで生き残ってしまうためのようです．