Set up GOTM-FABM on Linux

Linuxでのセットアップ方法はこちらにまとめられています．ソースコードをこちらのサイトから入手します．

~/fabm/hosts$ git clone https://github.com/gotm-model/code.git gotm

計算例のcasesも入手します．

~/fabm/hosts/gotm$ git clone https://github.com/gotm-model/cases.git cases

Githubのサイトはこちらです．
~/fabm/hosts/gotm/scripts/linux に存在する，gotm_configure.sh と gotm_build.sh をbuildディレクトリ（例えば，~/fabm/build/gotm にコピーします．それらの中身の環境変数を環境に合わせて編集します．

gotm_congigure.sh

ソースコードは src ディレクトリに存在することが前提で，具体的に ~/fabm/hosts/gotm/src に存在しているとしますと，最後の /src を除いた部分を環境変数に代入します．また，使用するコンパイラに合わせて編集します．最後に，実行形式をインストールするディレクトリを指定します．

GOTM_BASE=${GOTM_BASE:=~/fabm/hosts/gotm}
FABM_BASE=${FABM_BASE:=~/fabm}
# default Fortran compiler is gfortran - overiden by setting compiler:
export compiler=ifort
compiler=${compiler:=gfortran}
# Make install prefix configurable
install_prefix=${install_prefix:=~/local/gotm/$compiler}

gotm_build.sh

コンパイラに合わせた設定を行います．np= はビルドに使用するマシンのコア数を指定します．適切に指定するとビルドの時間が短縮されるようです．以下はコア数が2の場合です．

# default Fortran compiler is gfortran - overide by setting compuiler like:
export compiler=ifort

np=-j2

成功すると，~/local/gotm/ifort/bin に実行形式 gotm が作成されます．実行は入力データを準備したディレクトリで行いますので，実行形式に path を通しておきましょう．

$ export PATH=/home/username/usr/local/gotm/ifort/bin:$PATH

さらに，こちらで準備したIntel版netcdfにlinkできるように，~/.bashrc に環境変数を加えます．

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/netcdf-ifort/4.4.4/lib:$LD_LIBRARY_PATH

通常，netcdf4ではnc-configが利用されるのですが，GOTMではnetcdf3.6.3が標準的に使われているようで，上記の設定が必要なようです．

casesの準備

GOTMには多くの計算例が用意されています．ソースコードはこちらで，解説はこちらです．これら各caseをfabm/hosts/gotm/cases/ 以下にダウンロードします．casesの一つである nns_annual を実行してみます．こちらの記事を参考にさせていただきました．
cases/nns_annual ディレクトリにはデータファイル等がいくつかありますが，必要な nml ファイル等が存在しておらず，Makefile を用いて準備する必要があります．このMakefileで使用されるeditscenario等のパッケージをインストールする必要があります．Python2.7の環境を用意しておきます．Python3.6がbase環境で，condaでPython2.7の仮想環境pyfabmが構築されているとします．

$ source activate pyfabm
$ pip install xmlplot --upgrade
$ pip install xmlstore --upgrade
$ pip install editscenario --upgrade

次に，gotmguiをインストールします．こちらのサイトから[cci]gotmgui-0.1.1-py2-none-any.whl[/cci]を適当なディレクトリにダウンロードし，そのディレクトリに移動して，以下のようにインストールします．

$ pip install gotmgui-0.1.1-py2-none-any.whl

さらに，fabm/hosts/gotm/cases/ にある Makefile を環境に合わせて編集します．GOTMDIR はGOTMのソースコードが含まれている src を含むディレクトリを指定します．src は含めません．

export GOTMDIR=$(HOME)/winc/cal/fabm/hosts/gotm

準備が整いましたので，各caseのnmlファイルを作成します．fabm/hosts/gotm/cases/ において，以下を実行します．

$ make namelist

すべてのcaseで必要なnmlファイルが作成されます．
cases/nns_annualに入り，gotm-fabm.mmlとfabm.yaml を用意し，output.yaml を適切に修正してから，実行形式 gotm を実行します．gotm には PATH を通してあるので，どこからでも実行できるはずです．1年分の計算が1.6秒で完了しました．

$ gotm