WRF 3.0.1.1 Serial Run on HA8000 Single

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東大スパコンHA8000のおけるWRF V3のserialにおける実行方法についてまとめます.WRF提供のidealized caseのem_b_waveをserialでコンパイル済みと仮定します.ログインノードでの実行もできますが,ここではセンター標準のバッチジョブで実行します.

ジョブスクリプトの作成

ジョブスクリプトを作成します.ファイル名はrun_test.cshとし,executableの属性を付与します.以下が例ですが,#@$-を除いて#以降はコメントで,(*)はオプショナルです.ジョブスクリプトはホームディレクトリ基準ですので,実行ファイルのあるディレクトリまで移動する必要があります.

#!/bin/bash
#@$-q debug  # ジョブを投入するキュー(パイプキュー)を指定
#@$-N 1        # 利用ノード数(シングルなので,1)
#@$-J T4     # ノード当たりのプロセス数
#@$-lT 00:05:00  # 予想実行時間(時:分:秒)
#@$-lM 4GB       # メモリサイズ(*)
#@$-e fout.e        # 標準エラー出力ファイル名(*)
#@$-o fout.o        # 標準出力ファイル名(*)
#@$-lc 0MB        # コアファイルサイズ(*)
#@$-ls 192MB    # プロセスごとのスタックサイズ(*)
#@$-lm 2GB        # プロセスごとのメモリサイズ(*)

##export WRF_EM_CORE=1 #Required only for compiling

cd WRF/WRFV3/run    # ~/を基準としてディレクトリ移動
./ideal.exe
./wrf.exe
date

ノード当たりのプロセス数がよくわからなかったので,1,4,16の3通りで試したところ,実行速度の差は小さく,速度の速い順に4>1>16という結果になりました.ということで,-J T4 としておけばよいのではないでしょうか.

改めてコンパイルする際には,WRFV3/において次のコマンドで不要ファイルを削除しましょう.

  • ./clean -a
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