WRF 3.0.1.1 Serial Run on HA8000 Single
東大スパコンHA8000のおけるWRF V3のserialにおける実行方法についてまとめます.WRF提供のidealized caseのem_b_waveをserialでコンパイル済みと仮定します.ログインノードでの実行もできますが,ここではセンター標準のバッチジョブで実行します.
ジョブスクリプトの作成
ジョブスクリプトを作成します.ファイル名はrun_test.cshとし,executableの属性を付与します.以下が例ですが,#@$-を除いて#以降はコメントで,(*)はオプショナルです.ジョブスクリプトはホームディレクトリ基準ですので,実行ファイルのあるディレクトリまで移動する必要があります.
#!/bin/bash
#@-q debug # ジョブを投入するキュー(パイプキュー)を指定 #@-N 1 # 利用ノード数(シングルなので,1)
#@-J T4 # ノード当たりのプロセス数 #@-lT 00:05:00 # 予想実行時間(時:分:秒)
#@-lM 4GB # メモリサイズ(*) #@-e fout.e # 標準エラー出力ファイル名(*)
#@-o fout.o # 標準出力ファイル名(*) #@-lc 0MB # コアファイルサイズ(*)
#@-ls 192MB # プロセスごとのスタックサイズ(*) #@-lm 2GB # プロセスごとのメモリサイズ(*)
##export WRF_EM_CORE=1 #Required only for compiling
cd WRF/WRFV3/run # ~/を基準としてディレクトリ移動
./ideal.exe
./wrf.exe
date
ノード当たりのプロセス数がよくわからなかったので,1,4,16の3通りで試したところ,実行速度の差は小さく,速度の速い順に4>1>16という結果になりました.ということで,-J T4 としておけばよいのではないでしょうか.
改めてコンパイルする際には,WRFV3/において次のコマンドで不要ファイルを削除しましょう.
- ./clean -a