以下のように一見ビルドができたように思っていましたが,FVCOMのリンクでエラーとなり,config.logに多数のエラーが見つかりました.よって,以下は記録として残しますが,この方法ではうまくいかないようです.
九州大学のスパコンITO Subsystem Aにおいて,netcdf-4.1.2をソースからIntelコンパイラでビルドします.pyenvがインストールされているとコンフリクトを起こすことがあるので,コンパイルの前に,~/.pyenv/のディレクトリ名を適当に変えておきます.コンパイルが終わったら元に戻します.
はじめにIntelコンパイラをロードします.

$ module load intel/2018

netcdfをコンパイルするための環境変数を以下の通り設定します.

export CC=icc
export CXX=icpc
export CFLAGS=-O3
export CXXFLAGS=-O3
export F77=ifort
export FC=ifort
export F90=ifort
export FFLAGS=-O3
export CPP=’icc -E’
export CXXCPP=’icpc -E’

これらの環境変数もnetcdfのインストールが終わったら削除しておきます.
netcdf-4.1.2.tar.gzをダウンロードし,コンパイルします.

$ tar xf netcdf-4.1.2.tar.gz
$ cd netcdf-4.1.2
$ ./configure --prefix=/home/usr1/useraccount/local/netcdf-4.1.2-intel --disable-netcdf4 --disable-dap
$ make
$ make check
$ make install

netcdf4では環境変数の設定はありませんが,netcdfをリンクするときにnc-configにPATHが通っている必要があります.以下のように,.bashrcに設定しておきます.

export PATH=${HOME}/local/netcdf-4.1.2-intel/bin:$PATH