condaでmatplotlibが2.0にアップグレードできないのに気づき,未だにAnaconda3-2.4.1を使っていたのが原因のようでした.Anacondaはpyenvで管理していましたが,まずはpyenvのアップグレードが必要の様です.そこで,pyenvをアップグレード後,anaconda3-4.3.1をインストールすることにしました.これまでのanacondaと併存できるので安心です.
この記事の最後に追記しておきましたが,pyenvをアップグレードするには次の様にします.

pyenvのアップグレード

pyenv自体をアップグレードするには以下の様にします.

$ cd $(pyenv root)
### 最新版にする
$ git pull
### 特定のバージョンにアップグレード
$ git fetch
$ git tag
# 現れたtagから選ぶ.例えばv1.0.9を選ぶなら
$ git checkout v1.0.9

pyenvでインストールできるAnacondaを表示しましょう.

$ pyenv install --list

最新のanaconda3-4.3.1をインストールしましょう.

$ pyenv install anaconda3-4.3.1

現在の状態を確認しましょう

$ pyenv versions
  system
  anaconda2-2.4.1
* anaconda3-2.4.1 (set by /home/teem/.pyenv/version)
  anaconda3-4.3.1

今インストールした最新版を利用可能にします

$ pyenv global anaconda3-4.3.1
### 確認します
$ pyenv versions
  system
  anaconda2-2.4.1
  anaconda3-2.4.1
* anaconda3-4.3.1 (set by /home/teem/.pyenv/version)

成功したようです.conda listで確認したところ,matplotlib2.0になっていました.その他のpyenvとcondaの使い方はこのページ(pyenv)このページ(conda)を参照.

Anacondaを削除する方法

例えば,anaconda3-2.4.1を削除するには次のようにします.質問が来るのでyと答えます.

$ pyenv uninstall anaconda3-2.4.1
pyenv: remove /home/teem/.pyenv/versions/anaconda3-2.4.1? y

Pythonパッケージを最新にする

最後にパッケージを最新のものにアップデートします.

$ conda update anaconda
$ conda update conda
$ conda update --all

さらに,matplotlibでアニメーションを作るには,ImageMagickとffmpegが必要になります.インストール方法はこの記事にまとめてあります.